В гр. Созопол от 1859 г. до 1880 г. действа гръцко училище, като от 1880 г. се въвежда преподаване на български език.До месец септември 1981 г. училището съществува като Народно основно училище “Кирил и Методий”. 1984 г. училището се преобразува в ЕСПУ – I категория.

Към училището има общежитие в сградата на бившия Димитровски районен съвет за учениците от общината.

През септември 1986 г. ЕСПУ от I категория преминава във II – ра, а през 1991 г. училището се преобразува в СОУ “Св. св. Кирил и Методий”.

През 2000 г. със заповед No РД – 14 – 213 на Министъра на МОН училището е преобразувано в основно.